“人類腫瘤網絡圖譜”正在構建
科技日報北京4月29日電 (記者張夢然)據《細胞》雜志近日發(fā)表的一篇觀點文章,美國博德研究所與多個實驗室以及“人類腫瘤網絡圖譜”聯(lián)盟(HTAN)合作,從時間—空間維度全面地對單細胞分辨率上腫瘤發(fā)展過程進行闡述和總結,建立“人類腫瘤網絡圖譜”,從而為各類型腫瘤生成信息豐富的三維圖譜數據集。
癌癥中的關鍵轉變過程——包括腫瘤的發(fā)生、擴展、轉移和治療耐藥性,都涉及到動態(tài)腫瘤系統(tǒng)中細胞間的復雜相互作用。單細胞基因組技術的快速發(fā)展,為這一人類從未能充分了解的復雜相互作用,提供了前所未有的研究機會。
在此原理上,“人類腫瘤網絡圖譜”計劃出現。這是美國國家癌癥研究所(NCI)癌癥“登月計劃”的一部分,該項目力圖建立一個臨床、實驗、計算和組織框架,集成一份巨大的三維圖譜數據集,不但可以使人類對癌癥的理解更為深遠,還有可能提高癌癥的篩查發(fā)現、預防和治療能力,為癌癥患者和身擔癌癥風險的人提供更精確有效的治療。
此次,包括美國博德研究所“人類細胞圖譜研究先鋒”阿維芙·蕾格夫,以及多家實驗機構、聯(lián)盟的科學家們,闡述了動態(tài)的、多參數的三維腫瘤圖譜,公開了其概念、應用、理論研究以及實驗策略,同時還將對“人類腫瘤圖譜網絡”的組織結構、相關補充計劃和合作單位以及合作機會進行介紹,面向公眾全面展開“人類腫瘤圖譜網絡”的構建。
這一圖譜的建立工作,涵蓋了腫瘤樣本收集、細胞空間分析工具開發(fā)、數據分析、圖譜可視化和查詢等各個方面。為確保廣泛性,需要從不同種族的人群中獲得高質量的樣本;而多數據集成、深度學習等技術,將會持續(xù)應用到對于圖譜網絡的建立之中。
研究人員表示,第一代“人類腫瘤圖譜網絡”可能包括交互式2D和可視化3D,并將關鍵的分子和細胞特征與臨床數據元素和患者預后聯(lián)系起來;而二代腫瘤圖譜會從多參數數據集中獲得更多信息,以更全面描述特定腫瘤的遺傳、分子、超微結構、細胞和組織學特征等多維度信息,對使用者來說,其可以像“谷歌地圖”一樣易于查找和使用。
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